Acabamos de realizar una clusterizacion de la base de datos de nr (proteinas de NCBI), al 90% de identidad. Para ello se uso el programa MMseq2 para tal tarea.
Se pudo llegar a reducir de 56% el tamaño original de la bd:
Este archivo clusterizado se formateo para Blastp, con mismo nombre: nr-clust.
Espero que eso les ayude en sus investigacion.
PD: estamos tratando de realizar lo mismo con los nucleotidos.
Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su reciente articulo “HADEG: A Curated Hydrocarbon Aerobic Degradation Enzymes and Genes Database” .
Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados:
Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor de BLASTDB a este directorio!
Hola a todos.
Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes:
Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes.
Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) estan en proceso de realización
Atte
Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nuc e proteinas estan actualizados:
Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor de BLASTDB a este directorio!
Muy buen inicio de año!
Hola a todos.
Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes:
Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes.
Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) estan en proceso de realización
Atte
Se instalo en Teopanzolco la ultima version de Qiime2 : 2022.8. Debido a que se instala via conda, por favor revisen bien la documentacion en linea del module corrspondiente.
Cualquier duda acuden con nosotros!
Se instalo una version mas reciente de bowtie2. : 2.5.0. Tuvimos algunos problemas muy extraños con la version anterior, fallando cuando unos reads tienen una especificidad todavia desconocida..
Revisan la documentacion en linea de los programas disponibles.
Se actualizaron los archivos por “clados” :
para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.
Hola a todos.
Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes:
Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes.
Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) estan en proceso de realización
Atte
