Archivos de la categoría Sin categoría

Acabamos de realizar una clusterizacion de la base de  datos de nr (proteinas de NCBI), al 90% de identidad. Para ello se uso el programa MMseq2 para tal tarea. Se pudo llegar a reducir de 56% el tamaño original de la … Sigue leyendo →

Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su reciente articulo “HADEG: A Curated Hydrocarbon Aerobic Degradation Enzymes and Genes Database” . Leerlo  

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa pdbnt swissprot Betacoronavirus Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados … Sigue leyendo →

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nuc e proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →

Se instalo en Teopanzolco la ultima version de Qiime2 : 2022.8. Debido a que se instala via conda, por favor revisen bien la documentacion en linea del module corrspondiente. Cualquier duda acuden con nosotros!  

Se instalo una version mas reciente de bowtie2. : 2.5.0. Tuvimos algunos problemas muy extraños con la version anterior, fallando cuando unos reads tienen una especificidad todavia desconocida.. Revisan la documentacion en linea de los programas disponibles.  

Se actualizaron los archivos por “clados” : bacteria phage human fungi virus para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →