El programa AfterQC necesita Python. Se debe de utilizar con el modulo adecuado, como se muestra aqui:
$ module load programs/afterqc-0.9.7 $ after.py specify current dir as input dir no read files to run with, do you call the program correctly? see -h for help Time used: 0.00595998764038 |
Para las opciones revisen por favor la documentacion de AfterQC o directamente en linea.
El programa Trinity en su version más reciente necesita por default más memoria que los 7G de base en casa jobs. Por ello se recomienda utilizarlo con al menos 32 Gb con la opción:
-l h_vmem=32G
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El programa Albacore necesita un ambiente especial para poder correr, dentro de Conda. Una vez cagado el modulo de miniconda, es necesario cargar el ambiene de albacore:
$ module load programs/albacore-2.3.1 $ source activate albacore (albacore) $ --> Indica que estan en el ambiente de albacore, listo! |
Para quitar el ambiente de trabajo de Ablacore y poder seguir trabajando (en el mismo job..), es necesario realizar las dos operaciones siguientes:
(albacore) $ source deactivate albacore $ module unload programs/albacore-2.3.1 |
El procedimiento parecido es necesario para el programa Antismash. Pueden revisar la ayuda en linea que se implemento:
$ module help programs/antismash-4.1.0
----------- Module Specific Help for 'programs/antismash-4.1.0' ---------------------------
antiSMASH : Search a genome sequence for secondary metabolite biosynthesis gene clusters.
Cuidado: se necesita teclear el source despues de cargar el modulo:
$ module load programs/antismash-4.1.0
$ source activate antismash
(antismash) $
trabajo co antismash...
Para quitar el ambiente:
(albacore) $ source deactivate antismash
$ module unload programs/antismash-4.1.0
¡ Cuidado! antismash asume dos cores por default!
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El mecanismo parecido deberá de ser utilizado para los programas Bellerophon, CompareM FUSTr, Qiime2, y SuperFocus