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IBt-UNAMUnidad de Secuenciacion Masiva y Bioinformatica
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Archivo mensual: octubre 2018
Seqkit y otros
Se instalaron los programas como Seqkit, para manipular fastq; ademas SPAdes y Masurca .. Les recomendamos revisar la documentacion el linea de los programas disponibles . Buen trabajo.
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Instalación de programas
Se instalaron los programas mrBayes y Megahit en el cluster. Se puede revisar la documentación el linea para conocer los modules a utilizar para ellos. Ademas, python3 cuenta con TensorFlow y Keras.
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Octave instalado
Se instalo Octave en el cluster, en su version 3.8.2. Buen trabajo
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FastQC y kmers
La nueva version de FastQC no indica, por default, los kmers. Se modifico el archivo limits.txt para que sean visibles de nuevo en el reporte. Pueden ustedes cambiar este comportamiento copiando el archivo limits.txt ubicado en /share/apps/FastQC-0.11.7/Configuration/ y modificando la … Sigue leyendo
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