Seqkit y otros

Se instalaron los programas como Seqkit, para manipular fastq; ademas SPAdes y Masurca ..

Les recomendamos revisar la documentacion el linea de los programas disponibles .

Buen trabajo.

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Instalación de programas

Se instalaron los programas mrBayes y Megahit en el cluster.

Se puede revisar la documentación el linea para conocer los modules a utilizar para ellos.

Ademas, python3 cuenta con TensorFlow y Keras.

 

 

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Octave instalado

Se instalo Octave en el cluster, en su version 3.8.2.

Buen trabajo

 

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FastQC y kmers

La nueva version de FastQC no indica, por default, los kmers. Se modifico el archivo limits.txt para que sean visibles de nuevo en el reporte.

Pueden ustedes cambiar este comportamiento copiando el archivo limits.txt ubicado en /share/apps/FastQC-0.11.7/Configuration/ y modificando la linea a :

kmer ignore 1

 

 

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Perl, Java y Python

Se instalaron las herramientas Python, Java y Perl.

Para poder utilizarlo, les recomiendo leer la pagina siguiente :

Uso de programas

Cualquier duda acuden con nosotros.

 

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Actualización de los programas en curso

La actualización de los programas se esta realizando poco a poco en  el cluster. La mayoria seran disponible via el medio de los “modulos”, como se nota en la documentación

Por la parte R y Python, revisen los parafos despues de la lista de los programas, para ver las versiones disponibles y los modulos/packages instalados.

 

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¡Teopanzolco actualizado!

La actualización del cluster Teopanzolco esta en proceso desde el lunes 3 de septiembre. Ha sido una tarea compleja debido a los cambios importantes al nivel del OS Centos 7.4.
Teopanzolco es a base de la distribucion Rocks 7.0

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