Se actualizo en el cluster la paqueteria SqueezeMeta
SqueezeMeta is a fully automatic pipeline for metagenomics/metatranscriptomics, covering all steps of the analysis. SqueezeMeta includes multi-metagenome support allowing the co-assembly of related metagenomes and the retrieval of individual metagenome-assembled genomes (MAGs) via binning procedures.
Revisen la documentacion para conocer el module adecado.
Se instalo en el cluster el programa Genomad :
geNomad is a tool that identifies virus and plasmid genomes from nucleotide sequences. It provides state-of-the-art classification performance and can be used to quickly find mobile genetic elements from genomes, metagenomes, or metatranscriptomes.
Revisen la documentacion para conocer el module adecado.
Se instalo en el cluster el programa HTSeq :
A framework to process and analyze data from high-throughput sequencing (HTS) assays
Revisen la documentacion para conocer el module adecado.
Se instalo en el cluster la ultima version de Fastp :
A tool designed to provide ultrafast all-in-one preprocessing and quality control for FastQ data.
This tool is designed for processing short reads (i.e. Illumina NovaSeq, MGI), if you are looking for tools to process long reads (i.e. Nanopore, PacBio, Cyclone), please use fastplong.
fastp supports batch processing of multiple FASTQ files in a folder, see – batch processing
Buen trabajo!
Se instalo WhatsHap (non, no Whatsapp 🙂 en el cluster.
WhatsHap is a read-based phasing tool.
Se puede ver mas informacion aqui .
Por la petición de una usuaria del cluster, se actualizo la paqueteria samtools y bcftools a v1.22.
Revisen por favor la lista de la lista de programas para comocer mas informacion.
Para los que tomaran vacaciones, les deseo que descansen!
Gracias a Héctor Salgado poragradeceralclusterensurecientearticulo :
High-Throughput Sequencing Detects a Viral Complex in Agave
Tequilana Plantsdoi: https://doi.org/10.1155/av/6434701
Lo agradecemos con su apoyo!
Se instalo Gromacs 2025.0 en el cluster. Esta version esta compilada para mpi, pero bajo un contenedor.
Pueden leer la nota /share/apps/Gromacs-2025.0/LEEME.txt para tener mas informaciones!
Cualquier duda acuden con nosotros!
Se actualizo la paqueteria Kraken2, “a taxonomic sequence classifier” en la version 2.1.4.
pueden consultar el sitio para mas informaciones.
Se acaba de instalar la version ultima de R-project, 4.4.2.
Revisen por favor la pagina de los programas para tener mas informaciones!
Feliz año nuevo a todos
