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IBt-UNAMUnidad de Secuenciacion Masiva y Bioinformatica
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Archivo mensual: octubre 2022
Clados NT y NR de NCBI
Se actualizaron los archivos por “clados” : bacteria phage human fungi virus para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.
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bases NCBI actualizadas
Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo
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Spades 3.15.4
Se actualizo el asembladro Spades : “St. Petersburg genome assembler : is an assembly toolkit containing various assembly pipelines.” a su version 3.15.4. Mejoro su rendimiento. Revisan la documentación en linea del cluster. Buena semana
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Metaphlan 4
Se instalo en el cluster el programa Metaphlan (“MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level.”) . En la version ultim 4.0.2. … Sigue leyendo
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