Teopanzolco

Se instalo la ultima version de SPAdes 4.0.0:

St. Petersburg genome assembler – a versatile toolkit designed for assembling and analyzing sequencing data from Illumina and IonTorrent technologies.

Pueden encontrar mas informacion aqui .

Se instalo la última versión de Qiime2: 2024.5 :

QIIME 2 is a powerful, extensible, and decentralized microbiome analysis package with a focus on data and analysis transparency. QIIME 2 enables researchers to start an analysis with raw DNA sequence data and finish with publication-quality figures and statistical results.

Se instalo con un ambiante conda, por lo que se requierre algunas etapas siguiente: activar conda, luego activar el ambiente qiime2:


$ module load programs/qiime2-2024.5
$ source /share/apps/External/Miniconda3-23.11.0/bin/activate
$ conda activate qiime2-2024.5
$ qiime --version
q2cli version 2024.5.0
Run `qiime info` for more version details.


Por otra parte, hare una encuesta pronto para ver la utilidad de conservar las versiones anteriores de qiime2: 2019.X

Acabamos de realizar una clusterizacion de la base de  datos de nr (proteinas de NCBI), al 90% de identidad. Para ello se uso el programa MMseq2 para tal tarea.

Se pudo llegar a reducir de 56% el tamaño original de la bd:

• nr: 538 645 943 seqs
• nr-clust : 232 490 369 seqs.

Este archivo clusterizado se formateo para Blastp, con mismo nombre: nr-clust.

Espero que eso les ayude en sus investigacion.

PD: estamos tratando de realizar lo mismo con los nucleotidos.

Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su reciente articulo “HADEG: A Curated Hydrocarbon Aerobic Degradation Enzymes and Genes Database” .

Leerlo

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados:

• bacteria
• fungi
• human
• phagos
• virus

Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor de BLASTDB a este directorio!

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nuc e proteinas estan actualizados:

• bacteria
• fungi
• human
• phagos
• virus

Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor de BLASTDB a este directorio!

Muy buen inicio de año!

Se instalo en Teopanzolco la ultima version de Qiime2 : 2022.8. Debido a que se instala via conda, por favor revisen bien la documentacion en linea del module corrspondiente.

Cualquier duda acuden con nosotros!

Se instalo una version mas reciente de bowtie2. : 2.5.0. Tuvimos algunos problemas muy extraños con la version anterior, fallando cuando unos reads tienen una especificidad todavia desconocida..

Revisan la documentacion en linea de los programas disponibles.