Teopanzolco

Esta mañana se instalo la version 3 de en Metaphlan el cluster. MetaPhlAn2 is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea, Eukaryotes and Viruses) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. 

La utilizacion via el module implica las 3 etapas siguiente:

$ module load programs/metaphlan-3.0.2 
$ source /share/apps/External/Miniconda3-4.7.10/bin/activate 
$ conda activate metaphlan3

Les invitamos a revisar la documentacion del programa y de los module en caso de dudas.

Se actualizo el asemblador Spades a la version mas reciente, la 3.14.1. Se quedan todavia las versiones anteriores por algun tiempo, la 3.13.0 y la 3.14.0.

Revisen la docuemtacion en linea para saber como accederlo via el module.

Se actualizo este dia la herramienta Interproscan en la version 5.45-80. Revisan la documentacion en linea para conocer el module a utilizar.

Bonita semana a todos

Se actualizó el programa BBmap a la versión más reciente, la 38.84. Eso para poder trabajar con secuencias mas largas de 700 bp.

Se instalo una nueva version de fastp, la 0.20.0. Que cuenta con algunas opcion nueva, como la de “merge”, con ” -m “.

La documentación en linea se actualizo de la misma manera.

¡ Bonita cuarentena a tod@s !

Se instalo GapFiller en el cluster. Es un programa para llenar los huecos entre contigs, durante un asembleo de novo.

La documentación en linea indica el module adecuado a utilizar.

¡Feliz contingencia!

La version 2.96.1 de Metaphlan no contiene los script “utils”.

Por ello se instalo la ultima version disponible que las contiene, la 2.7.7. Les pido revisar cuidadosamente las versiones que quisieran utilizar. El metodo empleado por los desarrolladores es un poco extraña.

Se descargo en teopanzolco la base de datos NCBI para blast de Betacoronavirus, que contiene 7,865 secuencias en total, algunas de ellas son genomas completos de coronavirus, como la referenciada NC_045512 .

De la misma manera, se genero el archivo fasta Betacoronavirus.fna.gz en el directorio /scratch/DB.

Estaremos tratando de actualizar esta base de datos al momento que sea necesario. No duden en preguntarnos cualquier duda sobre esta base de datos.

Se actualizo esta mañana las bases de datos formateadas para Blast+, que son nr, swissprot, nt, est_* . Se encuentran en el directorio definido /scratch/BlastDB .

De la misma manera se actualizaron los archivos fasta originales, que se encuentran en /scratch/DB .

Cualquier duda al respeto comuniquense con nosotros.

Estamos implementando un nuevo esquema de respaldo de los datos de su home. El sistema anterior, que corria cada sabado por la noche, no era tan eficaz al momento de restaurar datos en específico.

Desde más de un mes, estaba en prueba un nuevo sistema de respaldo, que se realiza cada a las media noche de los dias lunas hasta sabado. Se decidio desde el reinicio del cluster que sera a partir de ahora la manera de respaldar los datos de los home.

Los respaldos se quendan por 5 dias, luego uno por las ultimas 4 semanas, y luego uno por los ultimos 3 meses. Se genera de manera automatica en su home un archivo llamado backup-status.txt que contiene las fechas de los respaldos conservados.

Cualquier inquietud con este respaldo contactarnos vía los medios normales.