Teopanzolco

Hola a todos.

Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes:

• Betacononavirus
• nt
• nr
• patnt
• swissprot

Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes.

Atte

Se actualizo la version de Interproscan a la : 5.51-85.0.
La version anterior (5.45-80.0) se quedara disponible por 2 semanas mas, hasta el jueves 3 de junio, al menos que un usuario se comunique con nosotros para pedirnos que se queda mas tiempo.

Atte

Se instalo la versión mas reciente de blast: 2.11.0. Revisen la documetacion en linea para saber cual module utilizar.

Nos encontramos con el cluster en estado ya estable. En espera de recibir un nuevo master.

Buen trabajo

El cluster esta en estado de reparación, luego de los percances electricos que sufrio en la semana del 8 de marzo.
Lamentamos mucho esta situacion, pero les tendremos al tanto cuando este disponible y funcional el cluster.
Debido a esta situacion especial, cualquier duda o peticion de acceder a sus datos, por favor comuniquense con jerome a su cuenta email: jerome.verleyen at ibt.unam.mx.
Atte

Se actualizó las bases de datos nr, nt swissprot y Betacoronavirus para blast, como sus archivos fasta originales.
La bases de datos para blast son en /scratch/BlastDB/.
Los archivos Fasta son en /scratch/DB/

Cualquier duda sobre este tema preguntanos.

Se instalo la versión reciente de R (v4.0.3) en el cluster. Se utilza con el module programs/R-4.0.3.
Los modulos instalados en la versión anterior estan normalmente actualizados en esta nueva versión. Si falta algunos, por favor reportenlos como siempre.

Muy buen año 2021.

El cluster cuenta con la version 2.2.0 de tensorflow, en su version para CPU unicamente. Existe dos versiones instaladas:

• la version precompilada instalada con pip
• la version compilada especialmente para los CPUs del cluster, que incluye las accelearciones SSE4, FNA y AVX.

Su utilizacion implica varios pasos. Se aconseja utilizar uno de los dos modules dedicado:

• programs/tensorflow-2.2.0-pip para version precompilada
• programs/tensorflow-2.2.0 para version compilada especialmente

Se utiliza de la manera siguiente (caso de la version precompilada)


## carga del module:
$ module load programs/tensorflow-2.2.0-pip
## Activacion de conda
source /share/apps/External/Miniconda3-4.7.10/bin/activate
## Activacion del tensorflow
conda activate tensorflow-2.2.0-pip

Cualquier duda con el module pueden utilzar la opcion “help” para obtener mas informacion;


$ module help programs/tensorflow-2.2.0
----------- Module Specific Help for 'programs/tensorflow-2.2.0' ---------------------------

Tensorflow : The core open source library to help you develop and train ML models.
../..


No duden en preguntarnos de ser necesario.

Esta mañana se actualizo la version del programa Diamond a la 2.0.4. Verifiquen la documentacion en linea para conocer el module adecuado a utilizar.

Esta mañana se instalo la version 3 de en Metaphlan el cluster. MetaPhlAn2 is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea, Eukaryotes and Viruses) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. 

La utilizacion via el module implica las 3 etapas siguiente:

$ module load programs/metaphlan-3.0.2 
$ source /share/apps/External/Miniconda3-4.7.10/bin/activate 
$ conda activate metaphlan3

Les invitamos a revisar la documentacion del programa y de los module en caso de dudas.

Se actualizo el asemblador Spades a la version mas reciente, la 3.14.1. Se quedan todavia las versiones anteriores por algun tiempo, la 3.13.0 y la 3.14.0.

Revisen la docuemtacion en linea para saber como accederlo via el module.