Teopanzolco

El cluster cuenta con la nueva version de Blast+, la 2.9.0. Se conservo la version anterior, 2.7.1. Unicamente escogiendo el modulo adecuado pueden eligir la version adecuada.

Desde algunas semanas se implemento un respaldo semanal del home de los usuarios corrientes del cluster. Cada sabado por las 22 horas de la noche se realiza este respaldo. Es incremental, y conserva un historial de 90 dias unicamente.

Para que los usuarios puedan tener mas informaciones sobre estos respaldos, se genera de manera automatica en su home un archivo llamado backup-status.txt que contiene las fechas del resplado más antiguo y la del más reciente.

Cualquier inquietud con este respaldo contactarnos vía los medios normales.

Detectamos que el programa Picard, en Java, puede provocar una sobre carga de los nodos, en casos de algunos comandos especificos del mismo.

Si utilizan este programa, les recomendamos utilizar el script ad-hoc (picard), o añadir a las opciones de Java la opción siguiente, en caso de utilizar un solo cpu:

“-XX:ParallelGCThreads=1”

Si piden mas cpu (threads), entonces pueden escribir con “-XX:ParallelGCThreads=$NSLOTS” .

Cualquier duda pueden acudir con nosotros.

Atte

Albacore, el base call para Nanopore, se acutalizó a la versión más reciente: 2.3.5.

Por favor revisen la documentación en linea para saber como utilizarlo con el module adecuado.

Se instalaron los programas como Seqkit, para manipular fastq; ademas SPAdes y Masurca ..

Les recomendamos revisar la documentacion el linea de los programas disponibles .

Buen trabajo.

Se instalaron los programas mrBayes y Megahit en el cluster.

Se puede revisar la documentación el linea para conocer los modules a utilizar para ellos.

Ademas, python3 cuenta con TensorFlow y Keras.

Se instalo Octave en el cluster, en su version 3.8.2.

Buen trabajo

La nueva version de FastQC no indica, por default, los kmers. Se modifico el archivo limits.txt para que sean visibles de nuevo en el reporte.

Pueden ustedes cambiar este comportamiento copiando el archivo limits.txt ubicado en /share/apps/FastQC-0.11.7/Configuration/ y modificando la linea a :

kmer ignore 1

Se instalaron las herramientas Python, Java y Perl.

Para poder utilizarlo, les recomiendo leer la pagina siguiente :

Uso de programas

Cualquier duda acuden con nosotros.

La actualización de los programas se esta realizando poco a poco en  el cluster. La mayoria seran disponible via el medio de los “modulos”, como se nota en la documentación

Por la parte R y Python, revisen los parafos despues de la lista de los programas, para ver las versiones disponibles y los modulos/packages instalados.