Teopanzolco

Se actualizo el asembladro Spades : “St. Petersburg genome assembler : is an assembly toolkit containing various assembly pipelines.” a su version 3.15.4. Mejoro su rendimiento.

Revisan la documentación en linea del cluster.

Buena semana

Se instalo en el cluster el programa Metaphlan (“MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level.”) . En la version ultim 4.0.2. Tambien se genero la base de datos adecuadamente.

Revisan la documentacion en linea aqui .

Se actualizaron los archivos por “clados” :

• bacteria
• phage
• human
• fungi
• virus

para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.

Hola a todos.

Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes:

• nt
• nr
• pdbaa
• swissprot

Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes.

Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) estan en proceso de realizacion

Atte

Se actualizo la version de sra-tools a 3.0.0 . hempos encontrado algunos problemas con la version instalada actualmente 2.9.2.

Una nota indica que para descargar fastq desde SRA, recomiendan utilizar fastqer-dump :

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump

Dejamos la version anterior por si alguien la necesite.

Muy buen fin de semana!

Se actualizaron los archivos por “clados” :

• bacteria
• phage
• human
• fungi
• virus

para nr (proteinas no redundantes de NCBI) y para los nucleotidos (nt). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.

Se instalaron la base de datos de 16S de procariontes de NCBI :

• Arqueas : 33317[BioProject]
• Bacterias: 33175[BioProject]

El archivo Fasta esta en /scratch/DB/16S_procarionte.fna.gz

Esta formateado para Blast, con el nombre de la BD: 16S_procarionte .

Cualquier duda acuden con nosotros.

Se instalo la ultima version de GTDB-Tk :

a software toolkit for assigning objective taxonomic classifications to bacterial and archaeal genomes.

Revisan la documentacion en linea para conocer el module a utilizar.

Se actualizo la version 1.5.2 de SqueezeMeta. Seguramente se eliminara la version 1.3.0, mas antigua de este paquete.
Les avisaremos con tiempo de ello.