Se actualizo la version de sra-tools a 3.0.0 . hempos encontrado algunos problemas con la version instalada actualmente 2.9.2.
Una nota indica que para descargar fastq desde SRA, recomiendan utilizar fastqer-dump :
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump
Dejamos la version anterior por si alguien la necesite.
Muy buen fin de semana!