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Gracias a Héctor Salgado poragradeceralclusterensurecientearticulo :   High-Throughput Sequencing Detects a Viral Complex in Agave Tequilana Plants doi: https://doi.org/10.1155/av/6434701 Lo agradecemos con su apoyo!

Se instalo Gromacs 2025.0 en el cluster. Esta version esta compilada para mpi, pero bajo un contenedor. Pueden leer la nota /share/apps/Gromacs-2025.0/LEEME.txt para tener mas informaciones! Cualquier duda acuden con nosotros!  

Se actualizo la paqueteria Kraken2, “a taxonomic sequence classifier” en la version 2.1.4. pueden consultar el sitio para mas informaciones.  

Se acaba de instalar la version ultima de R-project, 4.4.2. Revisen por favor la pagina de los programas para tener mas informaciones! Feliz año nuevo a todos

Se realizo una nueva base de datos en fasta y para blast de las secuenicas de nt y nr de virus, sin Sars-Cov-2 (taxid: 2697049 ). Se llaman virusSinSARS-in-n[rt]. Se encuentran en /scratch/DB y /scratch/BlastDB   Buen trabajo!

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Ipyrad se instalo en el cluster, en su version 0.9.99. Es un programa para an interactive assembly and analysis toolkit for restriction-site associated DNA (RAD-seq) and related data types . Revisan la documentacion el linea para saber como utilizarlo!   … Sigue leyendo →

Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su recientes articulos : Comprehensive comparative analysis of the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis: exploring the pan-genome, the reconstruction of the gene regulatory network and genome-scale metabolic network DOI:  y … Sigue leyendo →

Se instalo el programa VEP que permite predecir los efectos de SNPs. Este programa esta instalado via Singularity. chequen la documentacion del module para verificar como usarlo correctamente: $ module help programs/vep-112 Se instalo tambien el programa multiqc: “a reporting … Sigue leyendo →

Se instalo pharokka en el cluster, con su base de datos correspondiente. Pharokka es “a rapid standardised annotation tool for bacteriophage genomes and metagenomes.” Se define con el module la variable PHARODB que indica la ubicacion de la base de … Sigue leyendo →