Archivo del Autor: admin

Se actualizo el asembladro Spades : “St. Petersburg genome assembler : is an assembly toolkit containing various assembly pipelines.” a su version 3.15.4. Mejoro su rendimiento. Revisan la documentación en linea del cluster. Buena semana

Se instalo en el cluster el programa Metaphlan (“MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level.”) . En la version ultim 4.0.2. … Sigue leyendo →

Se actualizaron los archivos por “clados” : bacteria phage human fungi virus para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.  

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →

Se actualizo la version de sra-tools a 3.0.0 . hempos encontrado algunos problemas con la version instalada actualmente 2.9.2. Una nota indica que para descargar fastq desde SRA, recomiendan utilizar fastqer-dump : https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump Dejamos la version anterior por si alguien … Sigue leyendo →

Se actualizaron los archivos por “clados” : bacteria phage human fungi virus para nr (proteinas no redundantes de NCBI) y para los nucleotidos (nt). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →

Se instalaron la base de datos de 16S de procariontes de NCBI : Arqueas : 33317[BioProject] Bacterias: 33175[BioProject] El archivo Fasta esta en /scratch/DB/16S_procarionte.fna.gz Esta formateado para Blast, con el nombre de la BD: 16S_procarionte . Cualquier duda acuden con … Sigue leyendo →

Se instalo la ultima version de GTDB-Tk : a software toolkit for assigning objective taxonomic classifications to bacterial and archaeal genomes. Revisan la documentacion en linea para conocer el module a utilizar.

Se actualizo la version 1.5.2 de SqueezeMeta. Seguramente se eliminara la version 1.3.0, mas antigua de este paquete. Les avisaremos con tiempo de ello.