Archivo del Autor: admin

Se realizo una nueva base de datos en fasta y para blast de las secuenicas de nt y nr de virus, sin Sars-Cov-2 (taxid: 2697049 ). Se llaman virusSinSARS-in-n[rt]. Se encuentran en /scratch/DB y /scratch/BlastDB   Buen trabajo!

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Ipyrad se instalo en el cluster, en su version 0.9.99. Es un programa para an interactive assembly and analysis toolkit for restriction-site associated DNA (RAD-seq) and related data types . Revisan la documentacion el linea para saber como utilizarlo!   … Sigue leyendo →

Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su recientes articulos : Comprehensive comparative analysis of the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis: exploring the pan-genome, the reconstruction of the gene regulatory network and genome-scale metabolic network DOI:  y … Sigue leyendo →

Se instalo el programa VEP que permite predecir los efectos de SNPs. Este programa esta instalado via Singularity. chequen la documentacion del module para verificar como usarlo correctamente: $ module help programs/vep-112 Se instalo tambien el programa multiqc: “a reporting … Sigue leyendo →

Se instalo pharokka en el cluster, con su base de datos correspondiente. Pharokka es “a rapid standardised annotation tool for bacteriophage genomes and metagenomes.” Se define con el module la variable PHARODB que indica la ubicacion de la base de … Sigue leyendo →

Se instalo la ultima version de SPAdes 4.0.0: St. Petersburg genome assembler – a versatile toolkit designed for assembling and analyzing sequencing data from Illumina and IonTorrent technologies. Pueden encontrar mas informacion aqui .  

Se instalo la última versión de Qiime2: 2024.5 : QIIME 2 is a powerful, extensible, and decentralized microbiome analysis package with a focus on data and analysis transparency. QIIME 2 enables researchers to start an analysis with raw DNA sequence … Sigue leyendo →

Acabamos de realizar una clusterizacion de la base de  datos de nr (proteinas de NCBI), al 90% de identidad. Para ello se uso el programa MMseq2 para tal tarea. Se pudo llegar a reducir de 56% el tamaño original de la … Sigue leyendo →

Gracias a Jorge Alexander Rojas Vargas por agradecer al cluster en su reciente articulo “HADEG: A Curated Hydrocarbon Aerobic Degradation Enzymes and Genes Database” . Leerlo