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IBt-UNAMUnidad de Secuenciacion Masiva y Bioinformatica
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Archivo del Autor: admin
Con 3 nodos de calculo
Se encendio un 3er nodo esta mañana , para aumentar a 3 el numero de nodos de calculo. Estamos con revision por parte de mantenimiento del no-break de respaldo. Cualquier duda avisanos por favor.
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Flye v2.9
Se instalo la version mas reciente de Flye : De novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs . El module para utilizarlo es programs/flye-2.9 Buen trabajo!
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Canu 2.2 y MucobiomeScan 2.0
Hola a todos. Estas 2 herramientas se instalaron en el cluster. Revisan por favor la docuemtnacion en linea para su utilizacion via los modules correspondientes.
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Signalp 5.0b
Se instalo una version mas reciente de Signalp. la 5.0b. Les recuerdo que esta paqueteria se instala con licencia especifica para investigacion, como lo indica el archivo /share/apps/signalp-5.0b/signalp-5.0_license.txt. Cualquier duda acuden con nosotros. Atte
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Clados NR y NT de NCBI
Se actualizaron los archivos por “clados” :bacteria, phage, human, fungi y virus, para nr (proteinas no redundantes de NCBI) y para los nucleotidos (nt). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.
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Bases NCBI actualizadas
Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Se actualizaron los archivos por “clados” :bacteria, phage, … Sigue leyendo
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Nuevo R v4.1.2
Se instalo en Teopanzolco la última version de R : 4.1.2. Esta disponible como todos los otros porgramas via el module correspondiente. Que tengan un muy buen año 2022! Atte
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Actualizacion BD Ncbi
Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Se actualizaron los archivos por “clados” :bacteria, phage, … Sigue leyendo
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Actualización base de datos NCBI
Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Se actualizaron los archivos por “clados”, como bacteria, … Sigue leyendo
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Base de datos por clados actualizadas
Se realizaron las bases de datos formato Fasta y blast para los clados siguientes, extractos de nt y nt de ncbi: Bacterias Fungi Human Phage Virus Se encuentran en /scratch/DB y /scratch/BlastDB. Para mas informaciones, checan en cada directorio el … Sigue leyendo
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