Archivo del Autor: admin

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nucletidos y proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa pdbnt swissprot Betacoronavirus Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados … Sigue leyendo →

Se informa que las bases de datos para Blast de los “clados” de NCBI en nuc e proteinas estan actualizados: bacteria fungi human phagos virus Se encuentran en /scratch/Blastdb. Les recuerdo que los modules de blast definen automaticmente el valor … Sigue leyendo →

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →

Se instalo en Teopanzolco la ultima version de Qiime2 : 2022.8. Debido a que se instala via conda, por favor revisen bien la documentacion en linea del module corrspondiente. Cualquier duda acuden con nosotros!  

Se instalo una version mas reciente de bowtie2. : 2.5.0. Tuvimos algunos problemas muy extraños con la version anterior, fallando cuando unos reads tienen una especificidad todavia desconocida.. Revisan la documentacion en linea de los programas disponibles.  

Se actualizaron los archivos por “clados” : bacteria phage human fungi virus para los nucleotidos (nt) y de proteinas (nr). Los fasta por clados asi como los formateados para Blast 2.12.0.

Hola a todos. Se actualizo el dia de hoy las bases de datos de NCBI siguientes: nt nr pdbaa swissprot Tanto las bases de datos para Blast+, como los archivos Fasta correspondientes. Las bases de datos por clados (bacteria, fungi..) … Sigue leyendo →

Se actualizo el asembladro Spades : “St. Petersburg genome assembler : is an assembly toolkit containing various assembly pipelines.” a su version 3.15.4. Mejoro su rendimiento. Revisan la documentación en linea del cluster. Buena semana

Se instalo en el cluster el programa Metaphlan (“MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level.”) . En la version ultim 4.0.2. … Sigue leyendo →